南京市医疗保障局是南京市机构改革新组建的单位，隶属于南京市人民政府。下设办公室、规划财务和法规处、基层工作处、机关党委等九大部门。主要职责（一）拟订全市基本医疗保险、生育保险、大病保险、医疗救助、医药价格等医疗保障制度的政策、规划和方案，推进建立长期护理保险制度，建立健全多层次医疗保障制度体系并组织实施。开展医疗保障领域的对外合作交流。（二）做好医疗保障基金预、决算管理，组织制定并实施医疗保障基金监督管理办法。建立健全全市统一的医疗保障基金安全防控机制，组织开展打击欺诈骗取医疗保障基金行为，推进全市医疗保障经办机构开展医疗服务智能监控系统建设，审核医疗保障经办机构实施医疗保障基金运行情况报告。（三）组织实施医疗保障筹资和待遇政策，统筹城乡医疗保障筹资和待遇标准，建立健全与筹资水平相适应的待遇动态调整机制，完善医疗保障市级统筹工作等等。
