厦门大学教育研究院具有深厚的历史底蕴。1921年，厦门大学建校之初便设师范部，厦大教育学科开启了发展征程。此后历经教育学部、教育学院、教育学系的变迁。1978年5月17日，潘懋元先生领导创建了厦门大学高等学校教育研究室，1984年2月经教育部批准更名为厦门大学高等教育科学研究所，2004年4月6日成立教育研究院。本院秉承“敢为天下先”的精神，开创了中国高等教育学科发展的多个“第一”：是中国第一个以高等教育学为研究对象的专门研究机构，是中国第一个高等教育学硕士学位授权单位和第一个高等教育学博士学位授权单位，是全国第一个高等教育学国家重点学科所在单位、高等教育研究的国家“985工程”创新基地;是第二轮世界一流学科教育学学科建设单位（2021-2025年）。2000年，依托本单位成立的厦门大学高等教育发展研究中心是全国唯一的专门研究高等教育的教育部人文社科重点研究基地。
