根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合厦门大学学科建设和产业布局调整的总体要求，围绕深圳市实施创新型城市战略，2000年5月8日，厦门大学在深圳注册成立具有独立法人资质的事业机构“厦门大学深圳研究院”(简称厦大深研院)。业务范围涵盖教育培训、科技研发、校友服务、产业孵化等，通过与地方政府签署市校战略合作协议，展开学术论坛，实现多层次交流与合作。先后成立了“近海海洋环境国家重点实验室深圳研发中心”“滨海湿地生态系统教育部重点实验室深圳研发中心”“计量经济学教育部重点实验室深圳研发中心”“金融与证券中心”“公共部门绩效管理中心”“品牌与广告中心”“企业内控管理中心”“分子诊断教育部工程中心深圳分中心”“海洋生物技术中心”等多个专业咨询及服务机构，不但实现了将厦门大学的优势学科和科技资源引入深圳、服务深圳的目的，也推动了相关学科的发展。
